UNY Press menjalin kerjasama dengan lembaga-lembaga terkait baik lembaga pemerintah maupun swasta.  Mitra UNY Press antara lain.

• Panitia SBMPTN
• Belmawa DIKTI
• Universitas Diponegoro (UNDIP)
• Pemprov DIY (BKD DIY)
• Anggota Asosiasi Penerbit Perguruan Tinggi Indonesia (APPTI)
• Anggota Ikatan Penerbit Indonesia (IKAPI)
• Unit kerja di UNY
• SMA/SMK DIY Jateng
• Institute Francais Indonesie (IFI Yogyakarta)
• Perorangan (percetakan kartu nama, brosur, dll)