UNY Press berdiri pada tahun 1984 di bawah koordinasi Media Pendidikan IKIP Yogyakarta, yang kemudian berubah menjadi Unit Percetakan dan Penerbitan (UPP) IKIP Yogyakarta. Sejalan dengan perubahan IKIP Yogyakarta menjadi Universitas Yogyakarta (UNY),  UPP IKIP Yogyakarta berubah menjadi UPP UNY. Pada tahun 2012, dengan berdirinya Badan Pengelolaan dan Pengembangan Usaha (BPPU), UPP UNY memperluas tugas dan tanggungjawabnya, yaitu sebagai salah satu unit usaha di bawah koordinasi BPPU.

UNY Press memiliki dua divisi yaitu percetakan dan penerbitan. Diivisi percetakan mengembangkan usaha percetakan baik offset maupun digital printing. Didukung oleh sarana dan prasarana yang baik dan kualifikasi staff yang profesional, unit ini telah berkembang pesat, baik kualitas maupun kuantitas hasil cetakan.

Unit penerbitan membantu meningkatkan atmosfer akademik di UNY, yaitu dengan program-program penulisan buku bagi dosen UNY maupun di luar UNY. Sebagai anggota IKAPI dan anggota APPTI, UNY Press berusaha menjadi salah satu penerbit yang kreatif dan profesional.

Kerjasama antara UNY Press dan lembaga-lembaga pemerintah maupun nonpemerintah berjalan baik, seperti kerjasama dengan Pemrov DIY, Badan Kepegawaian Daerah (BKD) DIY, unit-unit kerja di lingkungan UNY, panitia seminar, dan dengan sekolah-sekolah di DIY dan sekitarnya.